1933年2月，省教育厅鉴于省立东大医专科系属本省首创，初次开办，特向何瑶、周晋熙发出“指令”：国民政府行政院教育部，“对于各省医学人才之培养，限制甚严。如与定规稍有不合，即不能呈奉核准立案。”而省立东大“此次开办医学专修科，为本省树立医学教育之先声，一切均应力求严格，不能稍有简陋，以免有碍将来之发展!”何瑶、周晋熙二员也认为：医师之医疗道德和医技水平，关乎人命，非同小可，务必提高标准，严格行事，从善而始，从严而治。故得“令”之后，无不奉命唯谨，贯彻始终。5月，何瑶遵教厅之令，致函周晋熙，请其就任医专科主任之职。周晋熙也遵厅令，欣然就职，并复何瑶，先述医专科设立事：“敝校长前鉴于滇省医才，极感缺乏，为了拯救人民疾苦、普及卫生行政起见，即不得不广培医务人才。以本省医务教育尚未设施，而敝校规模初具，暂为目前急需计，添班并办，为费大省，故不分军民珍域，结果乃有医学专修科之设。”继而披肝沥胆，坦露心声：“敝校长赤诚为国，热血中浇，而毫无权利之贪恋。”

1933年9月1日，经过周晋熙等紧张有序的筹备之后，云南教育史上第一个正规的高等西医教育科别——云南省立东陆大学医学专修科，正式宣告成立。10月13日，医学专修科于圆通寺街军医学校内开学上课。

周晋熙之办学，首重教员，尤重教学，包括课程、教材、讲授、学习等项。关于课程，东大医专科既由军医学校代办，则其初期所设科目，多与该校略同。未几，教育部颁布了《大学医学院及医科暂行课目表》、《医学专科学校暂行课目表》等文，学校即依其《课目表》,重新统一设置课程。其中，“公共科目”计有：党义、军训、体育、国文、德文、日文、化学等；“医学科目”计有：医化学、生理学、病理学、解剖学、组织学、胎生学、药物学、细菌学、诊断学、内科学、外科学、妇科学、产科学、小儿科学、眼科学、耳鼻喉科学、皮肤病学、花柳病学、精神病学、公共卫生学、法医学、X光学等，及其相关科目之实习。由此可知所设课程，已基本包括了现代医学各科知识。尤需指出的是，东大医专科《课程纲要》明文规定：1至4年学习理论；“第五年级必修科目：住院实习，(时间)全年。”事实也是医专科1933年10月人学，直至1938年7月才始毕业，历时共为5年，比原计划增加1年。关于讲授，学校规定：教员授课，必须“充分准备”,“评晰讲授”;实验学科，必须“先行布置”,预为准备；学生质疑，必须认真负责，“尽量解答”;各种考试，必须严格认真，“评定成绩”。周晋熙常随班听课，以便有的放矢，提出改进意见，增强教学效果，等等。关于学习，周晋熙尝谆谆教导学生：“一个医生的工作，大则关系人的生命，小则造成病人痛苦。”无论医术医技，务必精益求精。每期考试成绩，必要张榜公布，借以鞭策学生，刻苦自励。“对于实在不合格的学生，他亲自劝其退学的就有好几个。”依其性质，军医学校实行军事管理，门口站有持枪卫兵，学生未请假者，一律严禁外出。学校每天军训一小时，其中跑步半小时，周晋熙身为校长兼主任，且已年逾半百，仍乐与学生为伍，“穿制服、打绑腿，跟在队伍后面，直到跑完。”可谓以身作则，言传身教。

迨至1935年，即医学专修科创办两年之际，一则云南军医学校奉命即将停办，一则已改省立之云南大学认为：医专科设于校外，“觉与大学隔离，管教甚属不便”,故拟将其迁入校内，自行办理。何瑶旋将此意，函商于周晋熙，他表示同感。随后，省立云大乃作决议：“本大学附设之医学专修科，原设于烈士祠内，自本学期起，应迁入校本部，以便管理。……(兹定于九月)十二日，即实行上课。”从此，医专科迁入校内会泽院中，直至1938年毕业结束为止。

省立云南大学医学专修科移入校内之后，校长何瑶仍欲周晋熙继兼主任。周晋熙军务缠身，婉辞不就。何瑶深情慰留，终无结果，乃不得不另聘同济毕业之名医秦光弘，继为医专科主任。

周晋熙创建、续建、重建之云南军医学校、云大医学专修科等，共培养了数百名军、民两用医务人才，有的成了军、师级军医处长和野战医院、伤兵医院院长；有的成了地方病、流行病、传染病如鼠疫、疟疾、血吸虫、旋毛虫等病的防治妙手；有的成了医疗卫生各科的专家学者。例如：从事预防医学的龚克昌、郑祖佑，医院建设的尚敏、杨高品，军事医学的周传岐、那学明，核医学的叶大铸，内科学的沈允斌，外科学的张星焕，妇科学的罗玉英、儿科学的梁其绶，精神病学的杨永华，中医外科的黄宽，骨科的王崇熏，执教于大学的赵邦柱等，皆著名于世，享誉医界。