自从卢沟桥事件爆发后，日本帝国主义对中国人民进行血腥屠杀，华北地区沦陷，昆明被视为抗战大后方，许多高校纷纷南迁到昆明合并成立“西南联合大学”；许多著名教授、专家、学者亦随学校前来昆明。这时的昆明群英荟萃。

在著名教授云集之时，云大趁机聘请不少南下的著名教授兼课，如梅贻琦、蒋梦麟、陈省身等都在文理学院授课，在数学系，庄圻泰教授讲“复变数函数”，陈省身讲“偏微分方程”。有时联大学生也来旁听，那是还有不少外校学生到云大寄读。

1939年，日寇开始空袭昆明市，日寇空袭初期，学校仍然坚持上课，学生一听到空袭警报，就立即四处疏散。记得一次何鲁教授正在给学生上课，突然警报拉响，何鲁教授就忙着带学生疏散。我们越过北门城，城墙外尽是乱坟堆，一片荒野之地。何先生带着大家边走边谈笑，竟忘记了敌机就要来投炸弹。我们继续走了几里路，见离城区已远，才停步席地而坐。学生围在何先生身旁，听何先生继续讲课。他用纸放在地上当黑板，边讲边在纸上写；我们把笔记本放在膝盖上，专心地记笔记。可以说当时走到哪里课堂就设在哪里，待警报解除才返校。我们就这样坚持了一段时间的学习。由于敌机空袭越来越频繁，学生不能正常上课，学校就把上课时间改在夜晚。白天则让同学自行疏散躲警报。

学校对敌机空袭做了防备，如为了保护会泽院，便用树枝盖在楼顶上；墙壁上涂抹墨绿颜色的涂料；派保卫人员夜夜值班；为使学生空袭时迅速疏散到城外，学校在后面开了一道后门，一边迅速完全地疏散。

1941年12月8日，珍珠港事件后，日本法西斯更加疯狂侵略我国领土，占领了东南亚一些国家。为了控制中国的大后方，它们从云南边城腾冲等进攻。腾冲、龙陵等一带失陷，日本侵略军威逼保山，大批华侨从国外投奔祖国，昆明局势吃紧，居民惶恐，会泽院在昆明这座城市显得目标格外大，势必遭到轰炸，因此部分院系迁往滇东北地区。数学系即搬到东川，只留少数师生在校守护校舍。

1940年10月13日，1941年5月12日，云大两次被炸，会泽院东侧楼顶被击穿；至公堂，学生宿舍，澄农馆等多处被炸。昆明城内被炸毁的房屋随处可见，许多贫民百姓被炸得血肉横飞，惨不忍睹。

在抗日战争年代，学校一边坚持上课，一边也组织学生参加抗战。九一八事变后，学生组织了义勇军，进行军事训练。有的学生奔赴前线，与抗日军民并肩作战，女同学也被组织起来参加救护队，包扎伤员，终于取得胜利。社会恢复了秩序，学校正常上课，学生安心读书，南迁的大学纷纷重返故地，同时也留下了一批教师。这批教师为以后云南教育事业的发展做了很大贡献。