肖承宪主要在扬州读小学、中学，由于家庭经济好，基本都是住校完成学业。高中时学校的纪律管理较松弛，他的生活就自由散漫了。那时他年轻体格好，喜欢运动，与一些爱玩的同学游览、玩耍，不用功读书，但喜欢读课外书籍，新旧文学、国外的翻译名著,都喜欢阅读。在读书中受到了一些进步思想的影响，认识到中国广大人民存在着痛苦，社会上存在着诸多不平等，产生了对现实不满，同时也受到西方文化、生活方式及思想的影响，羡慕古代那些文人雅士蔑视权贵及不拘小节的作风，向往西方文明，认为欧美才是自由精神、文明民主的故乡。

每当假期回家时，都与四弟亲密交谈，受到四弟的启发，特别是四弟热情的帮助并介绍阅读进步书籍，从中获得了新知识，思想觉悟有了提高，理解到社会上存在不平等、不合理，都是由于存在着剥削与被剥削的人和制度，存在着阶层间的矛盾，解决的办法就是革命。其四弟是共产党员，也是革命成员之一。

聪颖的肖承宪在中学时虽不用功读书，可是却于1928年高中毕业时，以好成绩考入清华大学外语系，后来转到生物学系学习，还因成绩优秀获得了奖学金。经过四年学习，因其成绩优秀而直接升入清华大学研究生院生物部攻读研究生，1935年获硕士学位，成绩优异而获得清华大学的官费留学美国的资格，1936年直接入美国费城Pennsylvania大学动物学系研究院留学深造。他留学时的研究方向属当时前沿学科领域——细胞学。不幸的是在需要集中精力搞科学研究的时候，他因失恋引起了严重的神经衰弱症，彻夜难眠，身体受到极大影响和摧残，健康直线下降，以致无法再坚持学习和工作。1936年年底，为了爱国，也为了家乡的亲人，他忍痛离开美国，回到祖国。他本该成为中国一流的细胞学家，一位难得的人才，但因病而成了“半成品”。神经衰弱折磨了肖承宪大半生，失眠成为他一生中最大的唯一的“享受”(家族遗传的神经衰弱病)。他也因病而终生未婚。

肖承宪回国最后辗转到昆明，与母亲姊妹等亲人团聚。1938年他应西南联合大学之聘于生物系教书，担任组织学、胚胎学及动物切片技术的教学。1941年被提升为讲师，并继续任上述课程的教学。在西南联合大学的薪金不够养活他的全家，为维持母亲姊妹全家的生计，他只得于1944年至1945年一年间，兼任驻昆明的安顺军医学校教员职务，教组织学课程，以补贴全家生活费用(为此，在“文化大革命”期间被审查迫害)。1946年，组成西南联合大学的北京大学、清华大学、南开大学都北迁返回各校的原来校址。肖承宪应崔之兰先生之聘到云南大学生物系任副教授，教无脊椎动物学、脊椎动物学、胚胎学、动物切片技术、经典遗传学(孟德尔、摩尔根创立的遗传学)、细胞学等基础和专业课程。他的学识功底深厚，专业技术水平高，科研能力强，1947年晋升为教授，并同时被昆明师范学院生物系聘请代杜增瑞担任普通动物学的教学。他总是兢兢业业地工作、教书，认认真真地做学问，生物系动物专业学科的课程几乎全部教过，从不提条件、计报酬，搞的科研属于前沿学科，他写过《金鱼精子形成》(Spermatogenesis in the Goldfish,Carassius auratus)(未发表)、《雨蛙神经管形成与渗透压之图像》(Hgdration as the Immediatecause of Neurulation in kaloula borealis)(未发表)。以上科研论文可以在美国刊物发表，但未寄出。他的学识造诣很高，但一直按系上的安排上普通基础课。由于外文基础极好，特别是英文，工作上需要的报刊、学报，全是阅读英文原版，而且是用自己的工资订阅，他上课的讲稿和科研论文全部用英文书写；俄文可以不用字典阅读专业书籍；德文借助字典能阅读专业书籍，平均每小时约500个字符；法文借助字典能阅读专业书籍等等。