潘大逵是一位具有爱国热忱，富有正义感和民主进步思想的学者。1942年底，他和民盟中央执委罗隆基在昆明开展民盟的工作，提出“反对蒋介石独裁”,深得一般知识分子和群众的拥护，参与筹建“民盟云南省支部”。1943年5月，民盟第一个地方组织——昆明支部成立，他为支部委员，与吴晗分别担任青年运动正副主任，并负责联系云南大学及中法大学的进步学生。

当中共南方局代表华岗到昆明，并任云大社会系教授，倡议同各方面有代表性的学者、专家及文化教育界知名人士交换意见，组织了“西南文化研究会”,探讨国内外政治形势，对推进云南地区知识分子的团结，消除高级知识分子之间的门户之见，在抗日救亡、争取民主和进步的旗帜下团结起来，反对蒋介石独裁统治。潘大逵积极参加了西南文化研究会的活动。

1944年9月，在中共云南省工委领导下，云大部分进步学生得到民盟组织和潘大逵的赞助和支持，成立了“民主青年同盟”(民青)云大支部(后改为民青第三支部)。使云大学生的爱国民主运动有了领导核心，云大学生自治会干事会从此完全掌握在“民青”成员及进步同学手中，成为昆明学生爱国民主运动的中坚。

同年10月10日，是“辛亥革命”成功纪念日，由民盟组织在城中心长春路的昆华女中操场举行群众大会，揭露国民党反动派丧失失地，使日军长驱直入攻占了贵州独山，西南震动，动员广大群众起来保卫大西南。这次大会在当时蒋管区引起了极大震动，他和楚图南、李公朴、闻一多、吴晗都出席演讲，大会进行中遭到特务破坏，得地方当局维持，大会得以顺利进行圆满完成。是年冬，民盟省支部正式成立，潘大逵一度担任民盟机关刊物《民主周刊》社长，在该刊先后发表过许多文章，如：《英国的民主宪政得来不易》、《论国民党口是心非与阳奉阴违》、《对国民党“五五宪章”的批判》等。

他积极投入反对国民党发动内战的斗争。1945年11月25日，中共省工委领导，民青组织通过昆明学联发动，以联大、云大、中法、英专四大学学生自治会联合举行反内战时事讨论会，因国民党反动派禁止在云大至公堂开会，遂改在联大民主草坪举行，出席的有大、中学生和各界青年6千余人。在会上由钱端升、伍盛元、费孝通、潘大逵四人演讲，从政治、经济、外交等方面阐述内战应当停止。在大会进行中遭到国民党特务的干扰，被群众驱逐后，又在联大校外鸣枪放炮，子弹在会场上空飞来飞去，群众仍镇静地席地而坐听讲。反动派一计未成，又将西郊一片断电，主持人即将早已准备好的汽灯点燃，会议继续进行。最后由潘大逵讲“如何制止内战”,引证大量事实，揭露国民党反动派在抗日战争胜利后，在民穷财尽的情况下，理应让人民休养生息，但国民党反动派不作此图，反而在美帝国主义帮助下，往全国各地调兵遣将，进行反人民的内战，把人民推入血海。他极力强调从速召开政治协商会议，成立联合政府，美军从中国撤退是制止内战的主要条件。为照顾群众安全，会议提前在通过昆明学生致国共两党制止内战和吁请美国青年反对美军参加中国内战等通电后，在《我们反对这个(内战)》的歌声中散会。而联大校外道路均被军队戒严，几千人在寒风中枯坐，后发现有条小路经云大农场通至云大后门，才将云大后门叫开，大家方始进城返回。次日，中央社发布在各报纸登载了污蔑学生的消息：《西郊匪警，黑夜枪声》,进一步促使学生采取总罢课，终至酿成震惊中外的“一二·一”惨案。在罢课中，潘大逵积极和同学们一道，揭露国民党反动派穷凶极恶的面目及妄图镇压学生的阴谋，他四处奔走，参加了云大教职员工的罢教，支持学生的正义斗争。